1、股权转让双方之间的纠纷
涉及到转让双方之间的股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失或支付违约金，或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效等等。这类纠纷主要适用合同法的有关规定进行处理，应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，应列公司为第三人。
2、涉及其他股东优先购买权的诉讼纠纷
如《公司法》第71条第2款规定，股东向股东以外的人转让股权时，不同意的股东应当购买该转让的股权，但关于购买价格如何确定，是以对外转让合同的价格，还是以公司净资产重新进行评估确定价格，实务中存在不同认识(对于未约定转让对价的，下文详细阐述)，笔者认为，关于购买价格的确定应综合考量对外转让合同的价格是否存在恶意抬高价格的情况，结合公司净资产评估确定的价格，择一合理价格。再如，股权转让合同履行完毕，因出让股东未履行向公司其他股东的告知义务，公司其他股东主张合同无效并请求行使优先购买权纠纷案件中。这类纠纷需要结合公司法与合同法相关规定进行处理，应列出让股权的股东为被告，公司为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加为第三人。
3、瑕疵出资股权转让引起的纠纷
若是股权受让方明知出让方出资存在瑕疵仍受让的，对未按期足额的欠缴出资部分，债权人或者公司有权将股权受让方列为被告，要求承担连带补充责任。若受让方不知情，不应承担责任，还可以将股权转让方列为被告，要求撤销转让合同。
4、隐名股东或实际出资人转让股权引起的纠纷案件
1)显名股东将其名下股权转让、质押，或者显名股东的债权人要求执行显名股东的股权等行为，属合法有效。因显名股东自身的债务导致其名下股权被执行，从而损害隐名出资人利益的，隐名出资人可以根据其与显名股东之间的合法协议主张权利。
2)隐名出资人与第三人约定，将其出资及与显名股东之间约定的收取投资回报的权利转让给第三人的协议，我们认为，该协议因不符合股权转让协议的主体和客体的要求，不属股权转让协议，属于债权转让协议，该协议的效力不受《公司法》第72条的约束。但是，隐名出资人与第三人之间的股权转让、质押行为无效，其债权人也不能要求执行相关股权。
上述案件中，隐名股东与显名股东之间是合同关系，具有相对性。涉及到隐名股东与显名股东纠纷时，应适用合同法相关规定处理，一般应将显名股东列为被告;涉及到隐名股东要求显名时，应适用公司法相关规定处理，将公司列为被告;涉及到与第三人时，第三人与显名股东的纠纷，一般适用公司法及合同法的相关规定处理，将显名股东与公司列为共同被告。第三人与隐名股东，应适用合同法相关规定处理，第三人应将隐名股东列为被告。
5、股权善意取得引发的纠纷案件
公司股权被无权转让后，受让方主张善意取得公司股权。该类案件中，既要考虑公司法律关系具有外观公示的特点，又要注意善意取得制度的基本原理，依法保护公司股东和善意第三人的合法权益。此类案件多产生于其他股东对于股权转让存在异议，一般是其他股东作为原告，而善意取得第三人与公司为被告。
6、股权转让纠纷中涉及公司决议的纠纷案件
股权转让纠纷中涉及公司决议无效或撤销，当事人起诉请求确认股东会或者股东大会、董事会决议无效或者请求撤销上述决议的，应当列公司为被告，对决议涉及的相对利害关系人，可以列为共同被告或者第三人。
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