(一)正确把握好处理股权转让纠纷与坚持商法理念、利益平衡的关系
1、把握好处理股权转让纠纷与坚持商法理念的关系，优先适用商法规则。把握处理好“内”与“外”的关系，坚持“内外有别”。股东与股东之间、股东与公司之间的纠纷属于内部关系;股东与债权人之间、公司与债权人之间的纠纷属于外部关系。股权的性质决定了股东处分自己的股权是必然涉及其他股东的利益，因此在处理股权转让纠纷中，首先要处理外部关系，然后再处理内部关系。
2、把握好适用公司法与适用民法的关系，优先适用商法规则，民法规则补充适用。把握好价值平衡与利益平衡的关系。快捷而低耗的高效率交易成为商事活动最重要的价值目标，必须在维护效率原则的前提下，以公司和其他权利人的利益为出发点，妥善地对公司诉讼案件进行审理。保持和维护各方主体的利益平衡。当各方利益无法兼顾时，按照以下原则进行取舍：当股东利益与债权人利益发生冲突时，优先保护股东利益;当股东之间利益发生冲突时，优先保护中小股东的利益。
3、把握好公司利益(股东优先购买权)与交易安全的关系。优先保护公司利益，即股东的优先购买权。股东将其持有的股份转让给股东以外的第三人，在此情况下，应当在有限公司的封闭性与股东转让股权的权利之间进行协调。具体到当股东的优先权与交易安全冲突时，股东的优先权优于交易安全。而适度保障交易安全，无论是从现代社会日益关注动态交易安全的趋势上看，还是从商法天生的外观主义特性上说，维护外部关系秩序，保障交易安全，始终是我国商事立法包括公司立法在内的基本价值取向和目标，股东优先权制度也不例外。
(二)对股权转让纠纷案件共性问题的处理意见
1、股权转让协议缺乏对价约定的效力。未约定股权转让价格的股权转让合同因欠缺必备条款而不具有可履行性，应认定该类合同没有成立。股权转让价格的确定是股权转让的重要内容之一。而股权价格的价值与有形财产不同，其价值由多种因素构成。在当事人提供的证据无法证明双方就股权转让价格达成一致时，人民法院不应依据股东出资额、审计报告、公司净资产额以及合同法第61、62条的规定确定股权价格。
2、工商变更登记对股权转让的对抗效力。根据《公司登记管理条例》第27条规定了公司申请变更登记，应提交的材料。以及国家工商总局于2005年12月22日作出《内资企业登记表格和内资企业登记申请提交材料规范》。根据该规范，人民法院依法裁定划转股权的，无需提交股东会决议、股权转让协议，但除了法院的裁定书外，仍需提交法定代表人签署的申请书(公司加盖公章)、公司签署的《公司股东出资情况表》、法定代表人签署的公司章程修正案等等材料。然而，在法院判决之后，申请股东变更登记仍需公司的配合。当法院作出民事判决确认当事人的股东资格后，若出现当事人因无法取得公司章程修正案等材料而无法办理股权变更登记的情况，针对这一矛盾现象，我们也只能亟待相关法律法规的完善。
3、工商登记事务中，常存在大股东操纵办理登记，以虚假签名的决议、章程修正案、股权转让协议申请变更登记，而工商部门予以变更登记，实务中侵犯其他股东权益的案件频发。为减少乃至杜绝此类现象，建议在向工商部门提交材料时，应预留股东签名的印鉴卡、个人印鉴等个人资料，以便在公司办理变更登记时由工商部门予以核对。
4、对于股权转让合同中存在的当事人为避税或者剥夺其他股东的优先购买权而向工商部门和税务部门提交一份阳合同，在当事人手中则持有价格不同的阴合同，应以哪份为准的问题。我们认为首先要看阴合同在规避什么;其二，要看阴合同损害谁的利益，在公平性与确定性的利益衡量上倾向于公平性。如果规避的是合同法第52条的情形，即在股权转让合同中以价格虚高而剥夺其他股东优先购买权的，则相对于其他股东无效;如果是为了避税，而在工商登记的价低，实际履行价高，对合同的效力不产生影响，但对避税行为应通过司法建议的形式由税务部门予以制裁，以司法制止两面合同，引导当事人去除合同的两面性，规范经济秩序。
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